Au Moyen-Age, l’ensemble du domaine de la Favouillane relève de la commanderie de Saint-Thomas de Trinquetaille. Suite à l’érection de la Favouillane en chef de commanderie, en 1614, un  premier mas est construit en 1628-1630 par les maçons Jean Clastre, Benoît Séon, Sauvaire et Jean Quisons. Nous savons par les textes que cette habitation en rez-de-chaussée, construite en pierres de Fontvielle est couverte d’un toit à deux pentes.
Une première cabane servant de bergerie est également construite au 17e siècle avant d’être restaurée en 1702. Ces deux édifices sont détruits.
Les ailes d’habitation et la bergerie qui composent le domaine actuel datent du 19e siècle. Le  bâtiment  encore existant, édifié sur l’emplacement de l’ancien mas est très endommagé

Rattaché au Domaine du Radeau depuis 1831, la ferme appartient actuellement au Port Autonome de Marseille avant d’avoir appartenu à la Compagnie des Salins du Midi. La  bergerie, qui forme un long vaisseau de 50 m de long  est couverte d’un toit en roseau. Restaurée en 1980-81, elle est la dernière bergerie camarguaise encore intacte.