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Quarante mètres au-dessus de l'Estissac et 300 m au sud-est, le fort de l'Eminence, comme son nom l'indique, occupe le sommet de l'arête encadrant, au nord, le vallon du port. De là, on découvre l'essentiel de l'intérieur de l'île. 

Construit entre 1635 et 1640, selon le schéma usuel des forts "de Richelieu", il se composait d'une enceinte polygonale en losange enfermant, au centre, une grosse tour à canons de 16 m de diamètre avec rez-de-chaussée voûté aveugle, batterie à 4 canons au premier étage et parapet d'infanterie autour de la terrasse. En 1793, les Anglais éventrent la tour, comme à l'Estissac.
  
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L'ouvrage était réparable mais, sous l'Empire, on préféra le raser complètement pour construire un ouvrage casematé beaucoup plus vaste, susceptible d'être la citadelle de l'île. 

Les travaux, abandonnés en 1815, ne furent repris que vers 1850 et aboutissent en 1875 à un vaste fort pentagonal, bastionné, à crête unique, avec caserne casematée à huit travées, magasin à poudre, et batteries barbettes disposées sur les cavaliers de courtine des principaux fronts. Vers 1880, on installera, sur le front ouest, 2 grosses pièces de 24 cm sur affût à pivot central, orientées vers la grande passe. 

Avec ses dimensions imposantes (165 x 100 m) ses hautes escarpes brunes bien appareillées tombant dans les fossés, c'est, de loin, l'ouvrage le plus important des îles et la véritable citadelle de Port-Cros, encore marqué par les bombardements subis en août 1944, lors du débarquement allié : une des casemates-logements est éventrée et de nombreux impacts constellent les murailles.